La misión de la Fundación Loyola es la formación integral de su alumnado desde la espiritualidad ignaciana y en colaboración con toda la comunidad educativa.
a) Por nuestra identidad jesuita queremos contribuir a través de la educación a la misión evangelizadora de la Compañía de Jesús.
b) Nuestra misión es compartida con toda la comunidad educativa (entidad titular, educadores, alumnado y familias).
c) Entendemos que la formación integral implica el crecimiento y la maduración humana y cristiana del alumnado en todas sus dimensiones para que sean personas “competentes, conscientes, compasivas y
comprometidas”.
d) Para nosotros la excelencia, además de una buena formación académica, exige el desarrollo capacidades y actitudes personales, así como la comunicación interpersonal; de forma que nuestro alumnado alcance un compromiso ético con el entorno y con sus semejantes, y lleguen a ser “hombres y mujeres para los demás” como expresó el P. Arrupe.
e) En toda nuestra actividad educativa ha de estar presente el vínculo inseparable entre la fe y la promoción de la justicia.

La Fundación Loyola, que tiene presente las características cambiantes del mundo pretende lograr que:

• Sus colegios sean centros evangelizadores a través de la acción educativa en sus dimensiones académica, tutorial, pastoral y paraescolar.
• Sea una institución en la que todos sus centros trabajen de forma cohesionada.
• Sea una institución que, integrada en el sector de educación de la Compañía de Jesús (Educsi).
• La formación de nuestro alumnado se caracterice por la excelencia que dé respuesta a las nuevas necesidades y retos de la sociedad.
• Su alumnado, situado en el centro del proceso de enseñanza-aprendizaje, sea académicamente competente y agente de transformación social.
• Realice una pastoral que, con fidelidad creativa, sea actualizada y apoyada por la comunidad educativa para que todos sus miembros puedan cultivar la dimensión de la interioridad y acceder a una experiencia personal de fe.
• Potencie el acompañamiento personal de todos los miembros de la comunidad educativa.
• Con una economía sostenible fiel a la opción por los más desfavorecidos y el cuidado de la creación.
• Se abra la universalidad e integre entre su alumnado a personas más desfavorecidas.

La Fundación Loyola, para alcanzar los objetivos contemplados en la misión, cuenta con los siguientes valores:

• La espiritualidad Ignaciana.
• La convicción de que la educación ayuda a cambiar a las personas y las personas ayudan a transformar el mundo.
• Una tradición que recoge un estilo educativo de la Compañía de Jesús transmitido a miles de antiguos alumnos durante siglos, y que es actualmente compartido por otros colegios de España y de todo el mundo.
• El ser una obra apostólica de la Compañía de Jesús con un proyecto educativo claro y que siempre se ha señalado por estar en la frontera y ser innovadora.
• El compromiso, la vocación y la dedicación generosa de todos nuestros educadores.
• La conciencia de que la participación y la corresponsabilidad son el modo más eficaz de alcanzar los objetivos.
• La cultura de la exigencia a nuestro alumnado como un medio
  indispensable para el crecimiento y la maduración.
• La afirmación de la centralidad de la persona en sus posibilidades de crecimiento y en su capacidad para experimentar a Dios.
• La apuesta por una interioridad que se construye en relación con los otros y que está habitada por Dios.
• La atención personalizada al alumnado y a toda la comunidad educativa.
• La apertura y sensibilidad hacia las necesidades del mundo y el compromiso con los más desfavorecidos.
• Una revisión y actualización de las continuas necesidades formativas para todos los miembros de la comunidad educativa.
• La pluralidad basada en el respeto profundo, la tolerancia y el sentido crítico constructivo.