Nuestra misión es la formación integral del alumnado en todas sus dimensiones como personas conscientes, competentes, compasivas y comprometidas para estar al servicio de los demás.

En colaboración con toda la comunidad educativa acompañamos a los jóvenes en la creación de un futuro esperanzador. 

Desde la educación contribuimos a la misión de la Compañía de Jesús en España de anunciar y ser testigo de la misión de reconciliación con Dios, con los demás y con la creación.

El Colegio San José, como centro perteneciente a la Fundación Loyola, tiene presente las características cambiantes del mundo y de la sociedad en las que nos encontramos en los próximos cinco años pretende lograr que:

1. Ser un centro evangelizador a través de la acción educativa integral.
2. Donde el alumnado y las personas más vulnerables de la comunidad educativa, encuentren en nuestros colegios una cultura de salvaguarda para su desarrollo y crecimiento personal, generando espacios, relaciones y actividades seguras.
3. Su alumnado se sienta acompañado y siendo el centro del proceso de enseñanza-aprendizaje, llegue a ser agente de transformación social.
4. La formación de nuestro alumnado se caracterice por la excelencia en todas sus dimensiones: con una profundidad que le abra a la experiencia de Dios y con una pedagogía innovadora y renovada por el paradigma pedagógico ignaciano (PPI) que dé respuesta a las nuevas necesidades y retos de la sociedad.
5. Se abra a la universalidad e integre entre su alumnado a personas que experimentan faltas de oportunidades y se encuentran en contextos más desfavorecidos.
6. Potencie el acompañamiento personal de todos los miembros de la comunidad educativa, generando en nuestro Colegio espacios de cuidado y encuentro.
7. Todos sus miembros tengan la posibilidad de vivir la espiritualidad ignaciana y acceder a una experiencia personal de fe en la que la comunión, la pluralidad y la colaboración con otras familias religiosas y con las Iglesias locales formen parte de la misma.
8. Sea una institución en la que se trabaje en red de forma cohesionada junto al resto de centros que integran la Fundación y en la que las distintas comunidades educativas compartan la misión.
9. Sea una institución que desde el sector de educación de la Compañía de Jesús (Educsi) y las distintas plataformas apostólicas, trabaje en red para articular la misión de la Compañía.
10. Sea una institución con un liderazgo ignaciano de forma que el discernimiento en común y la evaluación sea su modo de proceder. 
11. Con una economía sostenible y al servicio de la misión sea fiel a la opción por los más desfavorecidos y el cuidado de la creación.

El Colegio San José, como centro perteneciente a la Fundación Loyola, para alcanzar los objetivos contemplados en la misión, cuenta con los siguientes valores:

1. La espiritualidad ignaciana al ser una obra apostólica de la Compañía de Jesús que tiene un proyecto educativo claro que siempre se ha señalado por estar en la frontera y ser innovadora.
2. La convicción, confirmada por la historia, de que la educación integral ayuda a cambiar a las personas y las personas ayudan a transformar el mundo.
3. Una tradición viva que recoge un estilo educativo, académico, pedagógico, de educación en valores con un ideario propio, transmitidos por la Compañía de Jesús a miles de antiguos alumnos que han pasado por sus aulas durante siglos, y que es actualmente compartido por otros colegios de España y de todo el mundo.
4. El compromiso, la vocación y la dedicación generosa del personal a la labor educativa basados en la Espiritualidad Ignaciana.
5. La conciencia de que la participación y la corresponsabilidad son el modo más eficaz de alcanzar los objetivos usando como medio el trabajo colaborativo.
6. La cultura de la excelencia como un medio indispensable para el crecimiento y la maduración de nuestro alumnado.
7. La afirmación de la centralidad de la persona en sus posibilidades de crecimiento y en su capacidad para experimentar a Dios, haciéndolas responsables de sí mismas.
8. La apuesta por una interioridad que se construye en relación con los otros y que está habitada por Dios.
9. El acompañamiento y el cuidado al alumnado y a toda la comunidad educativa.
10. La apertura y sensibilidad hacia las necesidades del mundo y el cuidado de la casa común y el compromiso con los más desfavorecidos y con los excluidos y las personas vulnerables.
11. Una evaluación y actualización de las continuas necesidades formativas para todos los miembros de la comunidad educativa generando para ello espacios de reflexión.
12. La pluralidad basada en el respeto profundo, la tolerancia y el sentido crítico constructivo.
13. La preocupación institucional efectiva por la seguridad de menores y personas vulnerables.
14. La cultura de trabajo en red de los centros y órganos de la Fundación Loyola entre sí y con el resto de los miembros de EDUCSI.
15. Los vínculos establecidos con las familias de nuestros alumnos.
16. La evaluación continua de la institución y sus centros y órganos.
17. La actitud efectiva de colaboración y apertura a otras personas, obras y organizaciones de idearios diversos.