El primer colegio que tuvieron los jesuitas en Málaga se remonta a 1572 con la fundación de Colegio de San Sebastián. En 1767 Carlos III decretó la expulsión de los miembros de la Compañía de Jesús de los territorios de la corona española, pasando el colegio a manos de la corona. Fue a finales del siglo XIX cuando Antonio Campos Garín, marqués de Iznate, junto con otros miembros de la burguesía malagueña de la época le ofrecieron a los jesuitas la posibilidad de volver a construir un colegio en Málaga. Se decide para su ubicación la finca Miraflores en la barriada malagueña de El Palo con un diseño del arquitecto malagueño Gerónimo Cuervo. El Colegio fue inaugurado el 2 de octubre de 1882 siendo su primer rector P. José María Vélez. A lo largo del período de la Restauración el Colegio de San Estanislao se convirtió en uno de los mejores centros educativos de Andalucía.

La II república, por decreto de 23 de enero de 1932, disuelve la compañía de Jesús por obedecer a un poder extranjero (el Papa) e incauta todos sus bienes, convirtiendo el colegio en el instituto público “Miraflores”. Durante la guerra civil española sirve de hospital de campaña y el edificio sufre numerosos daños. En 1937 con la llegada de las tropas franquistas a Málaga el colegio es devuelto a los jesuitas, y el 3 de mayo de 1938 es derogado el decreto anterior.

El colegio y el internado vuelven a funcionar pasada la guerra. En 1975 el Colegio deja de tener internado. En 1986 se transforma en un colegio mixto. En 2007 coincidiendo con el 125 Aniversario de su fundación recibió la Medalla de Oro de la ciudad por unanimidad de todos los grupos políticos.