La Fundación Loyola es heredera de los antiguos colegios de la Compañía en Andalucía, Canarias y Extramadura.

Fue creada por el Padre General de la Compañía de Jesús, Peter Hans Kolvenbach, con fecha 24 de enero de 1998, para atender a la promoción y dirección de sus colegios en Andalucía y Canarias (posteriormente se amplió a Extremadura) como obra apostólica de la Compañía de Jesús.

Al ser una fundación canónica figura inscrita en el registro de Fundaciones Religiosas del Ministerio de Justicia español (Nº 159 de la Sección Especial, Grupo F).

El Protectorado de la Fundación es ejercido por el Padre Superior General de la Compañía de Jesús.  El órgano de gobierno de la Fundación es el Patronato que en la actualidad tiene la siguiente composición: